La Federación es dirigida, coordinada y administrada por un Comité Directivo, integrado por una Presidencia, una Secretaría, una Tesorería y cuatro Vicepresidencias, que representarán, respectivamente, a cada una de las zonas de la Federación.
La Asamblea es la encargada de elegir al / (la) Presidente (a), Secretario (a) y Tesorero(a) por mayoría de votos de los asociados presentes.
Los/(las) Vicepresidentes/(as) serán electos por las y los asociados que integren cada una de las cuatro zonas de la Federación.
Los y las integrantes el Comité Directivo durarán en su función dos años y no podrán volver a ocupar el mismo cargo en el periodo inmediato siguiente, aún cuando lo hubiesen desempeñado en forma sustituta por lo menos durante un año.
El Comité Directivo tiene a su cargo la vigilancia del cumplimiento de los objetivos, y demás normatividad aplicable a la Federación conforme a las siguientes facultades:
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Designar las comisiones que considere necesarias y, en su caso, aprobar sus informes;
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Vigilar el adecuado cumplimiento de los programas aprobados por la Asamblea General;
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Conocer los convenios que, en nombre de la Federación, gestiones o lleve a cabo la Presidencia;
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Elaborar un Programa Anual de Actividades de la Federación, que incluya los proyectos aprobados por la Asamblea General;
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Dar seguimiento a los acuerdos y decisiones concernientes a la Asamblea General y al Comité Directivo;
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Aprobar, en su caso, los asuntos que sean presentados por alguno de los o las asociadas para conocimiento de la Asamblea General;
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Proponer a la Asamblea General la aplicación del presupuesto anual;
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Actuar como órgano de consulta y de apoyo en todos los casos relacionados con la defensa y protección de los derechos humanos, a solicitud expresa de alguno de sus asociados;
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Editar y difundir las memorias de los Congresos que celebre la Federación, para lo cual, podrá apoyarse en una Comisión de Trabajo;
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Compilar las recomendaciones sobresalientes que emitan cualesquiera de los asociados, y publicarlas en una gaceta semestral en la que se difunda la información más trascendente;
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Formular los pronunciamiento que resulten pertinentes en los casos necesarios y urgentes previo acuerdo de la Asamblea General, o con la anuencia de él o los y las asociadas relacionadas con el caso;
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Aprobar, en casos de urgencia, el apoyo económico disponible que se destine a sus asociados, y
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Las demás que acuerde la Asamblea General.
Comité Directivo 2023 – 2025:
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Presidente: Lic. Raúl Israel Hernández Cruz, Presidente de la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Morelos
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Secretario: Mtro. Miguel Oscar Sabido Santana, Presidente de la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Yucatán.
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Tesorera: Lic. Olivia Lemus, Presidenta de la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Tamaulipas.
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Vicepresidente Zona Este: Dr. José Félix Cerezo Vélez, Presidente de la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Puebla.
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Vicepresidente Zona Oeste: Mtro. Maximino Muñoz de la Cruz, Presidente de la Comisión de Defensa de los Derechos Humanos para el Estado de Nayarit.
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Vicepresidente Zona Norte: Lic. Miguel Ángel Mora Marrufo, Presidente de la Comisión Estatal de los Derechos Humanos de Baja California.
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Vicepresidenta Zona Sur: Dra. Namiko Matzumoto Benítez, Presidenta de la Comisión Estatal de Derechos Humanos de Veracruz.